Климат (Dwb) муссонный с теплым летом, влажный континентальный. Средняя температура за год в Агинском, учитывая данные наблюдений, составляет 2.0°C. Самый тёплый месяц — июль с характерной температурой 23.6 °C. Самый холодный месяц — декабрь, его типичное среднесуточное температурное значение -16.6 °C. Самая высокая температура, фиксируется в июле до 34.8°С, а самая низкая до -30.7°C в декабре. В течение года: солнечно-ясные дни - 152, дни снега - 27, дождливых дней - 86, пасмурных дней - 101.