Климат (Dwc) муссонный субарктический. Самая высокая температура, регистрируется в июле до 35.0°С, минимальная достигает -30.3°C в декабре. Месяц с самым низким температурным режимом — декабрь, среднесуточная температура -15.1 °C. Наиболее тёплый месяц — июль с типичной температурой 23.7 °C. Среднегодовая температура в с. Алханай, на основе наблюдений, достигает 4.8°C. В рамках года: ясные дни - 157, дни со снегом - 28, дождливых дней - 84, облачных дней - 97.