Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Средняя температура за год в Алитусе, на основе наблюдений, достигает 11.3°C. Наихолоднейший месяц — январь, его характерная суточная температура -2.4 °C. Месяц, отмечающийся максимальными теплом — июль с характерной температурой 23.3 °C. Верхний предел температуры, проявляется в июле до 33.3°С, а порог минимальной температуры до -15.4°C в январе. В течение года: солнечно-ясные дни - 73, снежных дней - 66, дни с осадками - 148, облачных дней - 79.