Климат (Dfc) субарктический. Средняя температура за год в с. Анюйск, основываясь на наблюдениях, составляет -9.6°C. Наитеплейший месяц — июль со среднеарифметической температурой 13.4 °C. Месяц, когда зафиксированы самые низкие температуры — январь, среднесуточная температура -33.8 °C. Температурный максимум, фиксируется в июле до 29.4°С, а самая низкая до -49.8°C в феврале. В течение года: солнечно-ясные дни - 88, снегопадные дни - 92, дождливых дней - 41, облачных дней - 145.