Климат (Csb) средиземноморский с теплым летом. Средняя температура за год в Флагстаффе, исходя из наблюдений, достигает 15.1°C. Максимальная температура, замечается в июле до 34.9°С, минимальная достигает -15.3°C в январе. Месяц с максимальными температурами - это июль с привычной температурой 30.3 °C. Месяц с самыми низкими температурами — февраль, его суточный температурный средний показатель 3.4 °C. В пределах года: солнечных дней - 203, снежных дней - 48, дни с осадками - 58, облачных дней - 57.