Климат (Cfb) умеренный океанический. Максимальная температура, наблюдается в июле до 27.1°С, а низшая понижается до -10.4°C в феврале. Наихолоднейший месяц — январь, суточный температурный средний показатель 3.4 °C. Месяц с самым высоким температурным режимом — сентябрь с характерной температурой 20.4 °C. Годовая средняя температура в Фленсбурге, по данным наблюдений, составляет 11.9°C. За период года: солнечно-ясные дни - 46, дни со снегом - 34, дни с дождем - 214, облачных дней - 72.