Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Годовая средняя температура в Городском поселении поселок Шексна, учитывая данные наблюдений, оценивается 4.1°C. Максимальная температура, наблюдается в августе до 27.6°С, а порог минимальной температуры до -36.0°C в январе. Месяц с самыми низкими температурами — январь, среднее значение температуры за день -14.7 °C. Месяц с максимальными температурами — август с типичной температурой 19.3 °C. За год: солнечных дней - 56, дни снега - 91, дождливых дней - 128, облачных дней - 91.