Климат (Dfc) субарктический. Месяц, когда температура наиболее низкая — январь, его среднее суточное значение температуры -14.0 °C. Месяц, когда температура наиболее высокая — июль с типичной температурой 18.2 °C. Максимальная температура, регистрируется в июле до 28.4°С, а минимальный уровень достигает -35.8°C в январе. Средняя температура воздуха в Холмогорском р-н, на основе наблюдений, оценивается 3.3°C. За год: ясные дни - 49, снежных дней - 110, дни с дождем - 145, облачных дней - 62.