Климат (Af) тропический лесной. Средняя температура за год в Коте-Кинабалу, на основе наблюдений, достигает 29.4°C. Самый тёплый месяц — апрель со средним значением температуры 31.3 °C. Самый холодный месяц — февраль, его характерная суточная температура 27.8 °C. Наивысшая температура, фиксируется в мае до 35.2°С, а минимальный уровень достигает 22.9°C в феврале. В течение одного календарного года: солнечных дней - 14, дни снега - 0, дни с дождем - 329, пасмурных дней - 23.