Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Годовая средняя температура в д. Малая Пустомержа, исходя из наблюдений, оценивается 8.5°C. Месяц с самым высоким температурным режимом - это июль с привычной температурой 23.0 °C. Месяц с самым низким температурным режимом — январь, средний дневной температурный уровень -8.1 °C. Температурный максимум, отмечается в июне до 31.6°С, а минимальный уровень достигает -27.3°C в январе. В течение одного календарного года: солнечно-ясные дни - 74, снежных дней - 59, дни с дождем - 162, облачных дней - 71.