Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Максимальная температура, проявляется в июле до 32.9°С, а самая низкая до -33.3°C в январе. Месяц с самым низким температурным режимом — январь, средний дневной температурный уровень -13.0 °C. Месяц, отмечающийся максимальными теплом - это июль со средней температурой 23.3 °C. Средняя температура за год в д. Малое Непряхино, исходя из данных наблюдений, достигает 5.6°C. За период года: солнечно-ясные дни - 62, дни снега - 79, дни с осадками - 142, облачных дней - 83.