Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Самый тёплый месяц — июль с привычной температурой 27.1 °C. Месяц с самым низким температурным режимом — декабрь, среднесуточная температура -13.0 °C. Среднегодовая температура в с. Малоенисейское, исходя из данных наблюдений, достигает 7.5°C. Максимальная температура, регистрируется в июне до 35.2°С, а низшая понижается до -29.5°C в январе. В пределах года: ясные дни - 81, дни снега - 55, дождливых дней - 146, облачных дней - 84.