Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Самый тёплый месяц — июль с привычной температурой 25.6 °C. Месяц с самым низким температурным режимом — январь, среднесуточная температура -11.0 °C. Среднегодовая температура в с. Малоенисейское, исходя из данных наблюдений, достигает 7.9°C. Максимальная температура, регистрируется в июле до 37.4°С, а низшая понижается до -30.7°C в декабре. В пределах года: ясные дни - 61, дни снега - 81, дождливых дней - 124, облачных дней - 100.