Климат (Dwc) муссонный субарктический. Среднегодовая температура в с. Маргинтуй, основываясь на наблюдениях, составляет 2.6°C. Наитеплейший месяц - это июль с характерной температурой 21.5 °C. Месяц с минимальными температурами — декабрь, его типичное среднесуточное температурное значение -16.4 °C. Наивысшая температура, наблюдается в июле до 35.8°С, а низшая понижается до -33.7°C в январе. За год: дни ясной погоды - 85, дни со снегом - 60, дни с осадками - 109, облачных дней - 112.