Климат (Dfc) субарктический. Самый холодный месяц — январь, его среднее суточное значение температуры -15.2 °C. Месяц с самыми высокими температурами - это июль с привычной температурой 21.7 °C. Самая высокая температура, проявляется в июле до 30.1°С, а наименьшая опускается до -36.2°C в январе. Средняя температура за год в с. Нижний Шакшер, основываясь на наблюдениях, оценивается 4.0°C. В рамках года: ясные дни - 44, снегопадные дни - 129, дни с дождем - 105, облачных дней - 88.