Климат (Dfc) субарктический. Месяц, когда зафиксированы самые высокие температуры - это июль со среднеарифметической температурой 15.9 °C. Месяц, когда температура наиболее низкая — январь, его среднесуточная температура -22.7 °C. Максимальная температура, отмечается в июле до 24.7°С, а минимум составляет -41.2°C в январе. Годовая средняя температура в с. Панаевск, в соответствии с наблюдениями, достигает -4.1°C. В течение года: дни ясной погоды - 69, дни снега - 124, дни с дождем - 80, пасмурных дней - 93.