Климат (BSk) холодный полуаридный (степной). Средняя температура за год в Пенджикенте, в соответствии с наблюдениями, достигает 19.0°C. Максимальная температура, отмечается в июле до 38.2°С, минимальная достигает -10.2°C в декабре. Месяц с самыми высокими температурами — июль со средним значением температуры 31.4 °C. Самый холодный месяц — февраль, его суточный температурный средний показатель 7.4 °C. За период года: дни ясной погоды - 172, снегопадные дни - 21, дни с осадками - 100, облачных дней - 73.