Климат (Dfc) субарктический. Среднегодовая температура в с. Пущино, в соответствии с наблюдениями, составляет 3.1°C. Верхний предел температуры, регистрируется в июле до 27.8°С, а наименьшая опускается до -31.9°C в декабре. Наиболее тёплый месяц - это июль с характерной температурой 18.9 °C. Месяц с минимальными температурами — январь, характерная суточная температура -15.1 °C. За период года: ясные дни - 45, снежных дней - 100, дождливых дней - 143, пасмурных дней - 78.