Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Наиболее тёплый месяц — июль со средней температурой 24.5 °C. Месяц с самым низким температурным режимом — январь, его суточный температурный средний показатель -9.8 °C. Средняя температура за год в Пущино, исходя из данных наблюдений, составляет 8.4°C. Наивысшая температура, отмечается в июле до 31.4°С, а низшая понижается до -28.4°C в январе. За период года: ясные дни - 88, дни со снегом - 65, дни с осадками - 148, облачных дней - 65.