Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Наиболее тёплый месяц — август со средней температурой 22.7 °C. Месяц с самым низким температурным режимом — январь, его суточный температурный средний показатель -9.8 °C. Средняя температура за год в Пущино, исходя из данных наблюдений, составляет 8.3°C. Наивысшая температура, отмечается в августе до 30.3°С, а низшая понижается до -28.4°C в январе. За период года: ясные дни - 78, дни со снегом - 72, дни с осадками - 113, облачных дней - 103.