Климат (BWk) холодная пустыня. Средняя температура за год в Сане-Хавьере-де-Лонкомильях, по данным наблюдений, составляет 25.2°C. Верхний предел температуры, фиксируется в январе до 37.3°С, а минимально может быть до 8.2°C в июне. Месяц, когда температура наиболее низкая — май, его средний дневной температурный уровень 19.4 °C. Месяц с максимальными температурами - это январь со среднеарифметической температурой 30.1 °C. В течение года: дни ясной погоды - 232, дни снега - 0, дни с осадками - 27, пасмурных дней - 107.