Климат (Dfc) субарктический. Самая высокая температура, фиксируется в июне до 30.3°С, а низшая понижается до -41.4°C в декабре. Месяц, отмечающийся максимальными теплом — июль с привычной температурой 21.4 °C. Месяц с минимальными температурами — декабрь, среднее значение температуры за день -20.2 °C. Средняя температура воздуха в Северо-Енисейском, по данным наблюдений, достигает 0.1°C. За период года: солнечно-ясные дни - 51, снегопадные дни - 133, дни с осадками - 78, пасмурных дней - 104.