Климат (Dwc) муссонный субарктический. Месяц с максимальными температурами — июль со среднеарифметической температурой 17.1 °C. Месяц, когда температура наиболее низкая — декабрь, его характерная суточная температура -24.7 °C. Верхний предел температуры, замечается в июле до 23.9°С, а порог минимальной температуры до -42.2°C в феврале. Средняя температура воздуха в Северомуйске, исходя из наблюдений, достигает -4.8°C. На протяжении года: солнечных дней - 60, снежных дней - 105, дождливых дней - 73, пасмурных дней - 128.