Климат (Dfc) субарктический. Средняя температура воздуха в Среднеагинском с/с, исходя из данных наблюдений, составляет 7.7°C. Месяц, когда температура наиболее низкая — январь, суточный температурный средний показатель -10.3 °C. Месяц с максимальными температурами - это июль со средним значением температуры 27.2 °C. Максимальная температура, фиксируется в июне до 39.1°С, а самая низкая до -29.8°C в январе. В пределах года: солнечных дней - 73, снежных дней - 47, дождливых дней - 148, пасмурных дней - 98.