Климат (Dwc) муссонный субарктический. Наивысшая температура, наблюдается в июле до 34.8°С, а низшая понижается до -31.8°C в январе. Месяц с минимальными температурами — декабрь, его среднесуточная температура -16.9 °C. Месяц с максимальными температурами - это июль с привычной температурой 21.5 °C. Среднегодовая температура в с. Средний Шергольджин, на основе наблюдений, оценивается 2.9°C. За период года: дни ясной погоды - 94, снегопадные дни - 68, дни с осадками - 114, пасмурных дней - 90.