Климат (Dfc) субарктический. Самая высокая температура, регистрируется в июне до 37.2°С, а минимальный уровень достигает -33.1°C в январе. Наитеплейший месяц — июль с типичной температурой 25.4 °C. Месяц с самыми низкими температурами — январь, его типичное среднесуточное температурное значение -13.5 °C. Годовая средняя температура в с. Средняя Агинка, по данным наблюдений, оценивается 5.8°C. В течение года: дни ясной погоды - 74, снежных дней - 52, дни с дождем - 144, облачных дней - 96.