Климат (BWh) жаркая пустыня. Месяц с максимальными температурами — май с характерной температурой 43.7 °C. Месяц, когда зафиксированы самые низкие температуры — декабрь, его характерная суточная температура 26.0 °C. Температурный максимум, устанавливается в мае до 47.6°С, а низшая понижается до 11.2°C в декабре. Среднегодовая температура в Томбукту, основываясь на наблюдениях, достигает 35.6°C. За год: солнечных дней - 231, снегопадные дни - 0, дни с осадками - 60, облачных дней - 75.