Климат (Dwc) муссонный субарктический. Наивысшая температура, регистрируется в июле до 32.6°С, а порог минимальной температуры до -33.3°C в январе. Наихолоднейший месяц — декабрь, его средний дневной температурный уровень -16.0 °C. Месяц, когда зафиксированы самые высокие температуры — август со средней температурой 19.7 °C. Годовая средняя температура в с. Верхний Шергольджин, учитывая данные наблюдений, достигает 2.7°C. В течение года: солнечных дней - 90, дни снега - 60, дни с дождем - 106, пасмурных дней - 110.